Podziału sudańskiego państwa dokonał się pokojowo. Jednak przed secesją nie rozwiązano wielu spornych kwestii, dzielących oba państwa. Sporem między krajami stanowiły dochody z wydobycia ropy naftowej. Po podziale trzy czwarte złóż ropy znalazło się na Południu. W wyniku tego wybuchł konflikt o wysokość opłat tranzytowych (południowa ropa musiała być transportowana przez terytorium Sudanu, bo innego ropociągu nie było). Dochody z ropy stanowiły nawet 98% dochodów Sudanu Południowego. Przede wszystkim nie uregulowano do końca kwestii granic, w tym przynależności roponośnego regionu Abyei. Były to jedyne tereny bogate w ropę naftową na terenie Sudanu. Tereny te zamieszkiwały plemiona Dinka stanowiących większość na Południu Sudanu. Ich sąsiadami z północy byli arabscy pasterze Misseriya, którzy chcieli wypasać swoje bydło na dobrych pastwiskach w Abyei. Przez to dochodziło tam niejednokrotnie do konfliktów plemiennych.
28 kwietnia 2011 prezydent Sudanu Umar al-Baszir ogłosił, iż nie uzna niepodległości Sudanu Południowego, jeśli w jego granicach znajdzie się roponośny region Abyei. Deklaracja ta wieściła inwazję wojsk Sudanu. Do pierwszych starć w Abyei między siłami Północy i Południa doszło w dniach 1-3 maja 2011.