Dopiero pod presją międzynarodową, Sudan Południowy opuścił Heglig po dziesięciodniowej okupacji.
Nie zakończyło to jednak konfliktu, na granicy dochodziło notorycznie do wymiany ciosów, które rujnowały gospodarki obu państw, poprzez wstrzymanie wydobycia ropy naftowej. W wyniku tego mediacje podjęła Unia Afrykańska i Rada Bezpieczeństwa ONZ, która 2 maja 2012 uchwaliła rezolucję o wstrzymaniu walk i wycofanie sił ze spornych regionów. 29 maja 2012 rozpoczęto w Addis Abebie wielomiesięczne rokowania pokojowe z wysłannikiem UA Thabo Mbekim jako głównym mediatorem, zakończone 27 września 2012 podpisaniem porozumienia o utworzeniu zdemilitaryzowanej strefy buforowej wzdłuż wspólnej granicy obu państw.
Tło 9-15 stycznia 2011 roku odbyło się referendum w sprawie niepodległości Sudanu Południowego, na mocy postanowień z 2005, kończących wieloletnią wojnę domową. W wyniku referendum 9 lipca 2011 Sudan Południowy proklamował niepodległość.