Po aneksji Abyei przez siły Północy, ONZ zdecydowała się wysłać do Sudanu 7 tysięcy żołnierzy wojsk rozjemczych w ramach misji UNFISA. Kolejna odsłona konfliktu wybuchła 6 czerwca 2011, kiedy w Kordofanie Południowym, armia Południa rozpoczęła ataki na posterunki policji, przejmując broń. SPLA twierdziła, że północna armia próbowała rozbroić ich jednostki jeszcze przed ogłoszeniem niepodległości przez Sudan Południowy. W prowincji trwały ciężkie bombardowania artyleryjskie, siły Północy używały lotnictwa. Z prowincji objętej walkami uciekło 140 tys. cywilów.
14 czerwca 2011 ONZ oskarżył rząd Sudanu z o przeprowadzenie intensywnego bombardowania w pobliżu północno-południowej granicy. Walki te spowodowały oprócz exodusu cywilów, ogromne zniszczenia infrastruktury mieszkalnej, zniszczone były budynki i kościoły. Dzień później o zawieszenie broni zaapelował prezydent USA Barack Obama. 19 czerwca 2011 prezydent Sudanu Umar al-Baszir oskarżył Ludowy Ruch Wyzwolenia Sudanu (SPLM-N) o zdradę i napaść na Kordofan Południowy. Dodał, że nie przerwie ataków, dopóki SPLA nie wycofa się z rejonu konfliktu. Tymczasem ciężkie boje toczony pod stolicą prowincji - Kadukli.