Proklamacja niepodległości i zbrodnie wojenne 9 lipca 2011 Sudan Południowy proklamował niepodległość i sporna granica zaczęła obowiązywać w świetle międzynarodowym. Pomimo uznania Chartumu niezależności swojego nowego sąsiada, to walki o ziemie wybuchły na nowo. Raportu ONZ z 18 lipca 2011 dokumentował zbrodnie wojenne popełniane przez obie strony w Kordofanie Południowym. Następnego dnia Podsekretarz Generalny ONZ do spraw humanitarnych Valerie Amos wezwała do przeprowadzenia niezależnego dochodzenia ws. zbrodni popełnionych w czasie konfliktu.
Gubernator Nilu Błękitnego ostrzegł, że wojna mogła się zaognić z powodu połączeniu sił ugrupowań rebelianckich walczących w Darfurze. Ruch Sprawiedliwości i Równości (JEM) poparł armię Sudanu Południowego i 19 lipca 2011 wziął po raz pierwszy udział w walkach przygranicznych pod Piseą. Między ugrupowaniem rebelianckim z Chalilem Ibrahimem na czele a Południem ukształtował się militarny sojusz.
23 sierpnia Umar al-Baszir ogłosił dwutygodniowe jednostronne zawieszenie broni w Kordofanie Południowym, podczas osobistej wizyty w tej prowincji.