Prócz rycerzy pomorskich, garnizon tworzyło także wielu przedstawicieli rycerstwa wielkopolskiego i sandomierskiego, służących nie z obowiązków feudalnych, ale za żołd. Przygotowując obronę Gdańska, Bogusza wysłał do Łokietka gońców z prośbą o pomoc, ale otrzymał tylko informację o zaangażowaniu wojsk książęcych w Małopolsce oraz polecenie strzeżenia miasta „bacznie i wiernie”.
Wojska najeźdźców niezwłocznie przystąpiły do szturmu. Oddziały brandenburskie szybko opanowały całe miasto, uzyskując pomoc od dosyć licznej grupy mieszczan niemieckich. Następnie Brandenburczycy przystąpili do oblężenia grodu gdańskiego, umiejscowionego na sztucznie uformowanej wyspie, na lewym brzegu Motławy. Składał się on z siedziby feudała, połączonej z głównymi umocnieniami, oraz podgrodzia, będącego dzielnicą rybacko-rzemieślniczą. Zamieszkiwało go około 2200–2500 osób. Liczbę obrońców szacuje się na 500 ludzi. Całość otoczono wałami drewniano-ziemnymi, które wzmocniono następnie kamieniami. Margrabiowie podzielili swoje siły. Waldemar powrócił do Nowej Marchii, natomiast w Gdańsku pozostał Otto ze Strzałą, aby prowadzić oblężenie. Ataki na gród przeprowadzano zazwyczaj od strony bramy, ale czasami atakowano także od strony rzeki, podpływając do wałów na łodziach.