W tym samym roku wrócił do Bośni, początkowo jako sekretarz biskupa Ivana Šaricia. W sierpniu 1943 Draganović powrócił do Rzymu, gdzie został sekretarzem Papieskiego Chorwackiego Instytutu Świętego Hieronima (Pontificium Collegium Croaticum Sancti Hieronymi). Był słynnym później z udzielania pomocy i unikania niesprawiedliwym procesie Chorwatów przez jugosłowiańskich komunistówhttps://www.youtube.com/watch?v=b7jpJD8iIvQ
Koniec wojny i pierwsze lata powojenne Draganović był kontrowersyjną i tajemniczą postacią. Odtajnione dokumenty CIA potwierdzają, że Draganović był członkiem Ustaszy, skrajnie prawicowej organizacji chorwackiej współpracującej z nazistami, która od 1941 roku była główną siłą rządzącą w kolaborującej z Państwami Osi Chorwacji. Draganović został oskarżony o pranie brudnych pieniędzy Ustaszy i kosztowności skradzionych ofiarom wojny w ChorwacjiJ. Navarro Vals about Ante Pavelić’s treasure, the Vatican Bank and the national Catholic Church of Croatia in Rome, St Jerome of the Illyrians, s. 100–101, Eric Salerno, Mossad base Italia: le azioni, gli intrighi, le verità nascoste, „Il Saggiatore” 2010..