Pomimo tego, że By the Way sprzedał się w mniejszym nakładzie niż Californication, album osiągnął 2. miejsce na liście Billboard 200, jedną pozycję wyżej niż Californication. Album zadebiutował na 1. miejscu w Wielkiej Brytanii, Szwajcarii, Nowej Zelandii, Austrii i Szwecji, a także na 2. miejscu we Francji. W marcu 2006 wszystkie albumy Red Hot Chili Peppers zostały udostępnione w iTunes Store. By the Way został opublikowany z dwoma wcześniej niewydanymi utworami ("Runaway" i "Bicycle Song"). Oryginalnie wydane utwory nie zostały zmasterowane, choć nowo dodane tytuły owszem.
Przyjęcie przez krytykę thumb|290px|Red Hot Chili Peppers w trakcie koncertu w Sztokholmie w 2003 W przeważającej części album został pozytywnie oceniony przez krytykę, która chwaliła By the Way za melodyjność i złożoność struktur zastosowanych na płycie. Zac Johnson z serwisu AllMusic stwierdził, że album jest "wyrafinowany, skomplikowany... Peppers nie wyrzekli się swojej niesamowitej energii i radości z życia, a także pasji, uniwersalnej miłości i (rzecz jasna) żądzy". Rolling Stone nazwał album "niesamowicie melodyjnym" oraz "niemal idealnie balansującym materiałem pomiędzy brukowym plugastwem a ponadartystyczną inspiracją" oraz porównał go do Pet Sounds The Beach Boys.