Mojo pochwalił nagranie i nazwał go "najlepszym od czasu Blood Sugar Sex Magik"Mojo Magazine; 8/02 - s. 118.. Magazyn Q nazwał album "fantastycznym nagraniem" i dał By the Way pięć gwiazdek w pięciostopniowej skaliQ Magazine Sierpień 2002, s.118". Kimberly Mack z serwisu PopMatters napisała, że album "...bardziej skomplikowany, bogaty dźwięk, który mógł stworzyć jedynie dzisiejszy skład Peppers", oraz że teksty Kiedisa są "bardziej osobiste niż kiedykolwiek". W opinii Mack Frusciante jest "wielkim muzycznym talentem i niezaprzeczalnie lekarstwem na wszystkie muzyczne problemy dla Chili Peppers".
Pomimo licznych pochwał, część krytyków podeszła sceptycznie do albumu. Piero Scaruffi nazwał go "zbyt mainstreamowym". Blender nazwał go "sequelem Californication, kopią nie do odróżnienia", nazywając By the Way "Californication 2". Magazyn skrytykował Red Hot Chili Peppers za "brak kreatywności i pozostawanie w takim samym dźwięku przez długi okres"Blender Magazine - Nr 9, s. 142.. Niektóre gazety, jak np. The Village Voice za zbyt duże starania w kierunku odmiany swojego stylu.