Temperatura topnienia obliczana jest według metody najbliższego sąsiada. Opcja in silico PCR pozwala przewidywać możliwość powstania niespecyficznych produktów PCR, przewidywać potencjalne miejsca przyłączenia sond oraz opracować optymalną temperaturę annealingu w reakcji PCR. FastPCR umożliwia identyfikację różnych typów elementów repetytywnych, w tym powtórzeń prostych i odwróconych, obecności elementów strukturalnych transpozonów, takich jak i TIR, a także obecność "samosterujących" endonukleaz (ang. homing endonuclease). Program pozwala na analizę sekwencji pod kątem procentowej zawartości par GC w stosunku do par AT, oraz modyfikacji tego parametru w postaci proporcji par AT względem par GT, proporcji puryn względem pirymidyn, lub pirymidyn względem puryn. Dostępne opcje uwzględniają także analizę złożoności językowej, analizę obecności miejsc restrykcyjnych oraz tworzenie losowych sekwencji.
Bibliografia
Linki zewnętrzne FastPCR – strona oficjalna
Kategoria:Oprogramowanie bioinformatyczne