1990-1993 W 1990 Jana Płócienniczaka w roli prowadzącego zastąpił Michał Fajbusiewicz, przejmując tę rolę na najbliższe 27 lata emisji programu. W tym również roku, z powodu przekształcenia Milicji Obywatelskiej w Policję, drobnych zmian doczekała się czołówka programu, jednak zgodnie z wolą widzów jej ogólna forma pozostała niezmieniona. Do grudnia 1990 wyemitowano ponad 60 odcinków programu, w których przedstawiono ponad 300 spraw. Dzięki pomocy telewidzów ponad 100 z nich zostało rozwiązanych.
10 stycznia 1991, w okolicach Cisnej w ówczesnym województwie krośnieńskim, doszło do katastrofy śmigłowca Mi-8T ze 103 Pułku Lotniczego Nadwiślańskich Jednostek Wojskowych MSW, biorącego udział w rekonstrukcji zdarzeń na potrzeby programu. W katastrofie zginęło 7 policjantów i 3 członków załogi. Na miejscu katastrofy w 1992 ustawiono pamiątkowy obelisk.
Krytyka i zawieszenie Na początku czerwca Magazyn Kryminalny 997 spotkał się z bardzo krytyczną opinią ze strony Komendanta Głównego Policji Zenona Smolarka, który stwierdził, że jest on instruktażem dla przestępców i zabronił wszystkim policjantom współpracować z nim. W konsekwencji program został zdjęty z anteny, a w jego miejsce wyemitowano nowy program pt.