Dzięki nim inicjowane są i utrzymywane procesy związane z różnicowaniem komórek.
U ssaków ważne procesy reprogramowania epigenetycznego zachodzą na etapie gametogenezy oraz przed implantacją zarodka. W rozwoju osobniczym następują rozmaite zmiany w ekspresji genów w wyniku przeprogramowań epigenetycznych, które wpływają na fenotyp. Gromadzone są one przez całe życie i wraz z uszkodzeniami komórkowymi oraz zmniejszoną zdolnością do ich naprawy są jednym ze zjawisk kojarzonych ze starzeniem się.
Konsekwencje różnic epigenetycznych Epigenomem określa się zestaw modyfikacji DNA i białek histonowych, które regulują strukturę chromatyny, a przez to kontrolują ekspresję genów, replikację i naprawę DNA oraz inne funkcje komórkowe. Epigenom może sterować potencjałem genomu, określać, które geny będą aktywne, programować funkcje komórek, rozwój. Różnice epigenetyczne mogą tłumaczyć różnice między fenotypami bliźniąt jednojajowych mimo takiego samego genomu. Rozbieżności te są większe, jeśli bliźnięta były wychowywane w różnych środowiskach. Co więcej, epigenetyka pogłębia również różnice między zupełnie odmiennymi gatunkami mimo dużych podobieństw w genomie. Przykładowo prawie każdy gen człowieka ma swój odpowiednik w genomie myszy (tzn.