miRNA MikroRNA (miRNA) stanowią krótkie cząsteczki RNA, które pełnią rolę regulatorów ekspresji genów. miRNA łączy się z mRNA wykazującym do niego komplementarność, uniemożliwiając translację mRNA na białko (wyciszając gen). Stanowią część epigenetycznej maszynerii, jednocześnie same podlegają wpływom epigenetycznych modyfikacji podobnie jak geny kodujące białka. miRNA z jednej strony może wpływać na epigenetyczne regulatory takie jak metylotranferazy DNA, deacetylazy histonowe, białka z grupy Polycomb. Z drugiej strony około połowa genów miRNA powiązana jest w wyspami CpG. Ekspresja tych genów jest zatem zależna od metylacji DNA; ponadto wpływają na nią modyfikacje histonów.
Priony Priony stanowią infekcyjne formy białek, które są zdolne zmieniać konformację innych białek. Może nastąpić więc zmiana fenotypu bez zmiany w sekwencji DNA (będąc białkami, nie mają wcale materiału genetycznego), a jednocześnie przekazywana informacja strukturalna podlega dziedziczeniu. W tym sensie stanowią przykład dziedziczenia epigenetycznego.