Algorytm PCA składa się z następujących kroków:
Wyznaczenie średnich dla wierszy Jest to pierwsza czynność konieczna do stworzenia macierzy kowariancji macierzy wejściowej. Matematycznie można ten krok zapisać jako:
Kolejne pozycje wektora średnich u przechowują więc średnie odpowiadających wierszy. Obliczane są więc średnie wartości kolejnych cech dla wszystkich obserwacji.
Wyliczanie macierzy odchyleń Krok ten polega na odjęciu od macierzy wejściowej średnich wyliczonych w punkcie I. Od każdego elementu macierzy odejmujemy średnią dla wiersza, w którym się znajduje:
Wyznaczenie macierzy kowariancji W ogólnym przypadku macierz kowariancji wylicza się ze wzoru:
gdzie to macierz odchyleń. W przypadku, gdy wartości macierzy są rzeczywiste, użyte we wzorze sprzężenie hermitowskie (*) jest tożsame ze zwykłą transpozycją.
Obliczenie wartości własnych macierzy kowariancji Wyliczenie macierzy V wektorów własnych, która spełnia:
gdzie D jest macierzą przekątniową wartości własnych C.