w wyniku pożaru zniszczeniu uległo wiele budynków, w tym ratusz miejski, który odbudowano w 1568 r., dekorując szczyt maswerkami. Kolejny pożar w 1584 zniszczył 487 budynków, zachowując jedynie kościół św. Jana i kilka okolicznych domostw. W 1618 r. Stargard liczy 12 000 mieszkańców. Wówczas rozpoczęła się wojna trzydziestoletnia, w której na skutek głodu, pożarów i zarazy wywołanych przez wojska szwedzkie i carskie, miasto utraciło 90% swojej ludności. W 1630 r. do miasta wkroczyły szwedzkie wojska Gustawa II Adolfa. W 1633 r. z fundacji Petera Gröninga, burmistrza w latach 1624-1631, powstało Collegium Groeningianum dla ubogich, a zdolnych. W dwa lata później potężny pożar zniszczył niemal całe miasto wraz z kościołem mariackim. W wyniku pokoju westfalskiego, kończącego wojnę trzydziestoletnią, Stargard dostał się pod panowanie Brandenburgii, a od 1701 r. włączony został do Królestwa Pruskiego. W 1714 król pruski nadał wykładowcom Collegium Groeninganum tytuł profesorów królewskich.
Przełom XVIII i XIX wieku obfitował w konflikty zbrojne, w wyniku których Stargard często był poszkodowany.