W 1664 Nikon usiłował powrócić do sprawowania urzędu, jednak car Aleksy I nie życzył sobie tego i zdecydował o zwołaniu soboru, który miał usunąć Nikona i wybrać jego następcę.
Przebieg soboru Sąd nad patriarchą Nikonem 200px|right|thumb|Sąd nad Nikonem, ilustracja z 1892 200px|right|thumb|Pozbawienie Nikona szat patriarszych, obraz nieznanego autora Według prawosławnych kanonów o pozbawieniu urzędu patriarchy może decydować jedynie synod lub sobór biskupów, zaś jego decyzję potwierdzają zwierzchnicy innych kanonicznych Kościołów prawosławnych. W celu przeprowadzenia sądu na Nikonem w sposób możliwie zgodny z prawem kanonicznym Aleksy I sprowadził do Moskwy patriarchów Aleksandrii Paisjusza i Antiochii Makarego III. Dotarli oni do Moskwy 2 listopada 1666 i trzy dni po swoim przyjeździe zostali poinformowani, jakim wynikiem ma skończyć się proces. Informację tę przekazano także biskupom rosyjskim. Wszyscy pogodzili się z decyzją cara.