Sąd nad Nikonem odbył się 1 grudnia 1666. Car osobiście oskarżył Nikona o samowolne zaprzestanie wykonywania obowiązków, a tym samym narażenie Kościoła na niespotykany dotąd zamęt wewnętrzny. Następnie patriarchowie przeprowadzili przesłuchanie obwinionego. Patriarcha moskiewski i całej Rusi zarzucił organizatorom soboru złamanie procedur kanonicznych: sąd nad nim mógł być przeprowadzony tylko przez wszystkich czterech patriarchów, tymczasem zwierzchnicy Kościołów Konstantynopolitańskiego i Jerozolimskiego nie byli obecni w Moskwie5 grudnia 1666 Nikonowi przedstawiono listy patriarchów konstantynopolitańskiego i jerozolimskiego, w których wymienieni hierarchowie zgadzali się, by patriarchowie aleksandryjski i antiocheński podjęli w sprawie Nikona decyzję w imieniu wszystkich patriarchatów starożytnych. Patriarcha moskiewski i całej Rusi uznał je za sfałszowane. Por. . Stwierdził, że niektórzy biskupi rosyjscy nie są wiarygodni jako świadkowie, gdyż sami spiskowali przeciwko niemu. Oskarżył również jednego z obecnych biskupów greckich, metropolitę Gazy , o podszywanie się pod biskupa prawosławnegoZarzut ten miał podstawy. Paisjusz odebrał wykształcenie teologiczne w Rzymie i przyjmował pierwsze święcenia jako unita.