Już po zatwierdzeniu wyroku wydanego na Nikona dwóch biskupów rosyjskich – metropolita kruticki Paweł i arcybiskup riazański Hilarion – odmówili podpisania go, twierdząc, że stanowi on niebezpieczny precedens wymuszania przez władzę świecką określonych zmian w Kościele. Po kilkudniowej dyskusji, zdominowanej przez duchownych greckich działających zgodnie z wytycznymi cara, obydwaj duchowni zostali zmuszeni do publicznego odwołania wcześniejszych wątpliwości.
Ocena reform Nikona Drugim celem zwołania soboru w zamiarze Aleksego I było potwierdzenie kanoniczności reformy liturgicznej Nikona i potępienie rozwijającego się ruchu staroobrzędowego. Również ten cel został zrealizowany – zebrani na soborze hierarchowie przeanalizowali treść zmian liturgicznych i zatwierdzili większość z nich, oprócz zmiany pierwszego wersu modlitwy Ojcze nasz na Boże nasz oraz zakazu dwukrotnego święcenia wody w święto Jordanu. Staroobrzędowcy zostali obłożeni ekskomuniką. Za jedyne legalne praktyki liturgiczne uznano te, które odbywały się w oparciu o poprawione według greckich wzorów księgi opracowane w czasie sprawowania urzędu przez Nikona.