Następnie wrócił do Palestyny i przyjął w prawosławnym Patriarchacie Jerozolimskim chirotonię biskupią, po czym został zwierzchnikiem mało prestiżowej metropolii Gazy. Utrzymywał przy tym stałą korespondencję z Kościołem katolickim. Por. . W ciągu kilkudniowych przesłuchań głos zabierali głównie Nikon i car. Oskarżenia przeciwko patriarsze moskiewskiemu potwierdziło jedynie kilku biskupów rosyjskich, zaś przedstawiciel bojarów wypowiedział się dopiero na wyraźne życzenie monarchy.
5 grudnia 1666 Nikonowi odczytane zostały zarzuty uznane za udowodnione: odejście z urzędu patriarszego połączone z rzuceniem klątwy, co naraziło na gniew cara, bezpodstawne oskarżenia pod adresem hierarchii rosyjskiej w liście do patriarchy Konstantynopola, obrazę patriarchów przybyłych na sobór oraz pozbawienie urzędu biskupa kołomieńskiego Pawła. Ostateczny wyrok w sprawie Nikona został odczytany 12 grudnia 1666 w kaplicy Monasteru Czudowskiego. Z wymienionych tydzień wcześniej powodów został on pozbawiony godności patriarszej oraz biskupiej i zesłany jako zwykły mnich do Monasteru Terapontowskiego.