popełnił samobójstwo (Hanna wiedziała o jego śmierci, ale siostra ukrywała przed nią przez kilka lat, że odebrał sobie życie, bojąc się jej załamania psychicznego).
Drugim mężem artystki (w latach 1952–1955) był lekarz Zygmunt Stefanowicz, który zmarł po trzech latach małżeństwa.
Podczas II wojny światowej wraz z Zofią i matką mieszkała w okupowanej Warszawie, gdzie siostry Nałkowskie prowadziły sklep tytoniowy. W 1942 roku zmarła schorowana Anna Nałkowska, co Hanna i Zofia bardzo przeżyły, bo - nie mając własnych dzieci - były z nią wyjatkowo silnie związane. Świadectwem rozpaczy Hanny jest wstrząsający dziennik pisany przez trzy lata (niewydany drukiem, znajduje się w rękopisie w Bibliotece Narodowej). Te okoliczności sprawiły, że więź ze starszą siostrą Zofią się mocno zacieśniła. Nałkowskiej mieszkały razem do końca wojny; usuwane przez Niemców z kolejnych mieszkań ostatecznie zamieszkały w pracowni Hanny przy Nowym Świecie, którą opuściły tuż przed powstaniem warszawskim.
Po wojnie, z powodu zniszczenia Warszawy, zamieszkała wraz z siostrą w Łodzi w kamienicy przy obecnej al. A. Mickiewicza, 15, noszącej w Łodzi miano "domu literatów", ponieważ zamieszkało tam w tym czasie wielu wybitnych polskich pisarzy i poetów.