W latach 1856–1861 zajmował się projektem budynków rządowych (obecnej siedziby Foreign and Commonwealth Office), po burzliwym konkursie (budynki zostały zaprojektowane w stylu włoskim).
W kolejnych latach Scott zaprojektował dwa obiekty, które należą do architektonicznych symboli epoki wiktoriańskiej w Londynie. Pierwszym z nich był Albert Memorial, zrealizowany na zamówienie królowej Wiktorii pomnik księcia Alberta w Hyde Parku, który Scott zaprojektował w 1864 roku. Zresztą również na zlecenie królowej i również w celu upamiętnienia Alberta Scott przeprojektował wystrój kaplicy Wolseya na zamku Windsor. Z kolei w 1865 roku wykonał projekt dworca oraz hotelu w St. Pancras.
Scott był niezwykle płodnym architektem, spod jego ręki wyszły projekty kilkuset budynków sakralnych i świeckich w Anglii i poza jej granicami (m.in. Niemczech, Szkocji, a także brytyjskich koloniach na całym świecie), zajmował się pracami restauracyjnymi w wielu kolejnych. Publikował książki i artykuły (m.in. wydano zebrane w dwa tomy jego wykłady na temat architektury średniowiecznej). Działalność Scotta była wielokrotnie doceniana: m.in.