Po krótkim czasie powrócił tam, by prosić o przyjęcie do nowicjatu, ale bracia kapucyni byli mu niechętni z powodu jego niestałości. Pomimo to, niedługo potem otrzymał zezwolenie na przejście do tegoż zgromadzenia zakonnego. Obawiając się, aby nie próbowali go zatrzymać bracia z klasztoru San Francesco, opuścił go nocą po kryjomu. Jako nowy członek Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów otrzymał nowe imię: Franciszek Maria. Zaraz potem udał się z domu przejściowego w Voltri do nowicjatu w Genui, w klasztorze św. Barnaby. Jego mistrzem nowicjatu był o. Bernard z Pontedecimo.
17 grudnia 1825 r. po dorocznych rekolekcjach został obłóczony w kapucyński habit, a w rok później, w rocznicę tego wydarzenia 17 grudnia 1826 r. złożył swoje śluby zakonne. W czasie nowicjatu okazywał wielką gorliwość w postach i umartwianiu w intencji nawrócenia grzeszników. Jego przełożeni próbowali hamować nieco jego zapał, ale brat Franciszek pozostał niewzruszony w swoich postanowieniach.
Ze względu na jego łagodny i pełen dobroci charakter bracia przeznaczyli go do opieki nad chorymi. Od wyznaczenia mu nowego zadania dzielił swój czas pomiędzy chorych i modlitwę w chórze zakonnym (zarówno indywidualną, jak i wspólnotową). Później także otrzymał zadanie chodzenia po kweście, w celu zaopatrywania klasztoru w jedzenie i środki niezbędne do życia.