Była to bardzo odpowiedzialna funkcja, którą powierzano tylko najlepszym braciom, gdyż byli oni „wizytówką” klasztoru. Na początku czerwca 1832 r. umarł jego ojciec. Brat Franciszek szybko zdobył zaufanie i życzliwość wśród mieszkańców, zaczęto go nazywać „Il Padre Santo” (Święty Ojciec). Niejednokrotnie wspomagał strapionych i załamanych, a grzeszących napominał i przestrzegał. Często modlił się przed tabernakulum, wypraszając wiele łask dla innych ludzi. Istotę ubóstwa widział nie tylko w tym, aby prowadzić skromny i prosty styl życia, ale raczej w pomocy biednym i upadłym.
W 1857 r. umarła mu matka w wieku 88 lat. Kiedy w 1865 r. przeniesiono go na skutek wyczerpania organizmu do szpitala, odkryto na jego biodrach pas pokutny oraz wiele ran na ciele spowodowanych surowym stylem życia. W 1866 r. w Genui wybuchła epidemia cholery. Brat Franciszek chodził wtedy po domach niosąc chorym pomoc na miarę swoich słabnących sił. Wkrótce sam się zaraził. Choroba szybko postępowała. W niedzielę, 16 września nastąpiła poprawa stanu zdrowia, jednak już następnego dnia jego stan szybko się pogorszył. Tego dnia przyjął sakrament namaszczenia chorych i absolucję generalną.