„Rodzinie” udowodniono kilka innych morderstw, m.in. małżeństwa LaBianca oraz nauczyciela muzyki Gary’ego Hinmana. Manson odbywał swój wyrok w kalifornijskim więzieniu stanowym w Corcoran. W kwietniu 2012 roku bezskutecznie ubiegał się o przedterminowe zwolnienie. 15 maja 2015 w portalu United Media Publishing opublikowano informację o odkryciu w celi ciała Mansona bez oznak życia oraz o uznaniu go za zmarłego po bezskutecznych próbach reanimacji. Doniesienia te zostały zdementowane przez rzecznika władz więziennych.
Życie prywatne W 2013 roku Manson oświadczył, że jest biseksualny, mówiąc: Seks jest dla mnie jak pójście do toalety. Nieważne, czy to dziewczyna, czy nie. Nie ma to znaczenia. Łącznie miał trójkę dzieci z różnymi kobietami. W 2014 roku uwięziony Manson związał się z 26-letnią Afton Elaine Burton.
W więzieniu Manson wytatuował sobie swastykę na czole.
Muzyka thumb|Okładka płyty Lie: The Love and Terror Cult Przebywając w więzieniu Manson nagrał kilka albumów z pogranicza bluesa i rocka psychodelicznego.