W tym okresie sam Stojałowski zgłosił akces do Galicyjskiej Partii Socjaldemokratycznej i przekazał redagowanie swych wydawnictw jej działaczom Ignacemu Daszyńskiemu i Tadeuszowi Regerowi. Od ugody z władzami w 1897 stopniowo przesuwa się w kierunku prawicy. W 1900 założył Zjednoczenie Stronnictw Ludowych, w 1904 Polskie Centrum Ludowe. Poseł do austriackiej Rady Państwa IX kadencji (21 marca 1898 – 7 września 1900) wybrany w kurii IV (gmin wiejskich) z okręgu wyborczego nr 9 (Łańcut-Przeworsk-Leżajsk-Nisko-Ulanów) po śmierci swego poprzednika Ferdynanda HompeschaJózef Buszko, Polacy w parlamencie wiedeńskim – 1848-1918, Warszawa 1996, s. 409. W parlamencie przewodził własnemu klubowi złożonemu z posłów Stronnictwa Chrześcijańsko-Ludowego. Budził wówczas skrajne emocje. Jak napisał o nim Kazimierz Chłędowski do reszty obrzydliwą figurą był ksiądz Stojałowski, przywódca (...) ludowców, istna figura zbrodniarza. Chudy, blady, bez cery, w zasmarowanej brudnej sutannie, nie umyty, nie uczesany, o spojrzeniu stępionym, podstępnym pełnym fałszu i obłudy. Wyglądał tak, jakby się ciągle walał po szynkach i domach publicznych, a dla odpoczynku przychodził czasem do parlamentu.