Mimo wojny w 1944 objął kierownictwo Katedry Językoznawstwa. Był też członkiem Instytutu Języka Litewskiego i uczestniczył w opracowaniu Słownika języka litewskiego. Lituanistyka była jedną z jego największych pasji. w 1958 otrzymał od Rady Państwa PRL Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski za monumentalną trzytomową „Gramatykę języka litewskiego”. Była to pierwsza tak poważna praca na ten temat i sami Litwini żartowali, że potrzebowali Polaka, żeby im to usystematyzował.

W 1945 roku po wysiedleniu wraz z innymi Polakami z Wilna, profesor Otrębski przeniósł się do Poznania. Na Uniwersytecie Adama Mickiewicza objął Katedrę Slawistyki, a w 1947 nowo utworzoną Katedrę Filologii Bałtyckiej. Na stanowisku pozostał do przejścia na emeryturę w roku 1960.

Zmarł 26 kwietnia 1971 w Poznaniu, a pochowany został na cmentarzu rzymskokatolickim w Puszczykowie.

Osiągnięcia Wykładał między innymi w Berlinie, Moskwie, Pradze, Uppsali, Sztokholmie i Wiedniu. W 1949 zainicjował międzynarodowe czasopismo „Lingua Posnaniensis”.