W lipcu 1969 roku J. Chrunow został dowódcą dublerów załogi podstawowej Sojuza 7, zastępując chorego Anatolija Kuklina. Razem z nim w skład załogi wchodzili Gieorgij Grieczko i Piotr Kołodin. Krótko po rozpoczęciu treningów Chrunow miał wypadek samochodowy i wykluczono go z dalszych przygotowań.
W latach 70. przygotowywał się do lotów w ramach różnych programów. Był jednym z kosmonautów, którzy trenowali do lotów na wojskową załogową stację kosmiczną Ałmaz.
We wrześniu 1980 roku był dublerem Jurija Romanienki – dowódcy Sojuza 38. Był to lot radziecko-kubański w ramach programu Interkosmos. Partnerem Chrunowa był José A. Lopez Falcon.
Po zakończonym locie przystąpił do treningu razem z Dumitru Prunariu jako dowódca podstawowej załogi do kolejnej misji w ramach tego programu, tym razem radziecko-rumuńskiej. Niestety, z powodów natury dyscyplinarnej w grudniu 1980 roku odsunięto go od dalszych przygotowań i w konsekwencji wykluczono z oddziału kosmonautów.
Na początku lat 80. pracował w jednym z instytutów naukowo-badawczych ministerstwa obrony. Później pełnił różne funkcje w administracji rządowej.