Sekwencjonowanie białka – ustalenie sekwencji aminokwasów w łańcuchu peptydowym białka.
Najstarszą, wciąż stosowaną metodą sekwencjonowania białek jest degradacja Edmana. Polega ona na wykorzystaniu specyficzności izotiocyjanku fenylu do wolnej grupy aminowej łańcucha peptydowego. Powstały w tej reakcji karbamyl, w warunkach kwaśnych, rozpada się na pochodną fenylotiohydantoniową N-terminalnego aminokwasu i polipeptyd pozbawiony końcowego aminokwasu. Reakcję tę można przeprowadzać cyklicznie, za każdym razem analizując produkty reakcji chromatograficznie. W praktyce trudno jest zsekwencjonować w ten sposób więcej niż 10 aminokwasów, ze względu na brak 100% wydajności tej reakcji. Z tego powodu analizuje się sekwencję peptydów będących produktami trawień proteolitycznych badanego białka. Metoda ta jest żmudna, pracochłonna i wymaga dużych ilości oczyszczonego białka.
Z powodu tych niedogodności, degradacja Edmana została zastąpiona obecnie analizą jonów peptydowych metodą spektrometrii mas. Do określania sekwencji wykorzystuje się tandemowe spektrometry mas, które pozwalają na wyselekcjonowanie jonów peptydowych, ich fragmentację i pomiar mas molowych powstałych fragmentów.