Fragmentacja polipeptydu zachodzi najczęściej przy wiązaniach peptydowych, dzięki czemu dane o masach fragmentów pozwalają na ustalenie sekwencji aminokwasowej peptydów.
Podczas sekwencjonowania peptydu w spektrometrze mas nie można odróżnić aminokwasów: leucyny od izoleucyny oraz lizyny od glutaminy. Leucyna i izoleucyna mają identyczne masy molowe, gdyż są swoimi izomerami. Lizyna i glutamina pomimo innego składu pierwiastkowego mają bardzo podobne masy. Metoda sekwencjonowania w spektrometrze mas pozwala na określenie sekwencji aminokwasowej peptydów o długości do około 30 aminokwasów. Polipeptydy występujące w naturze charakteryzują się zwykle większą długością - kilkadziesiąt aminokwasów do kilku tysięcy aminokwasów. Białka są często zbudowane z więcej niż jednego łańcucha polipeptydowego. Problem ich analizy jest rozwiązywany przez trawienie białka proteazą i sekwencjonowanie powstałych w ten sposób krótkich oligopeptydów.
Kategoria:Proteomika Kategoria:Chemia analityczna