Po wyborach w 1993 UChS coraz bardziej zbliżała się do SLD, udzieliła m.in. poparcia Aleksandrowi Kwaśniewskiemu w wyborach prezydenckich 1995Ekumenizm i Kwaśniewski, „Gazeta Wyborcza”, nr 247 z 23 października 1995, s. 2. W 1996 UChS zamawiała msze święte w intencji prezydenta KwaśniewskiegoMsze święte w intencji prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego..., „Gazeta Wyborcza”, nr 298 z 23 grudnia 1996, s. 4. 21 marca 1996 stronnictwo przystąpiło do koalicji Sojuszu Lewicy Demokratycznej jako jeden z autonomicznych podmiotówChrześcijanie w SLD, „Gazeta Wyborcza”, nr 69 z 21 marca 1996, s. 1, jednak jego przedstawiciele nie uzyskali mandatów poselskich w wyborach w 1997. W 1999 ugrupowanie nie weszło w skład partii SLD. W wyborach w 2006 podpisało porozumienie o wspólnym starcie z ugrupowaniami lewicyZ SLD do samorządów, „Gazeta Wyborcza”, nr 215 z 14 września 2006, s. 7Lewica coraz większa, chociaż z odzysku, „Rzeczpospolita” z 14 września 2006.
W III RP stronnictwo zachowało znaczną część majątku, w tym udziały w firmie „Ars Christiana”, oraz spółkach „Inter-Commerce” i „Ars-Graf”. Likwidacji ulegała prasa UChS: „Tygodnik Polski” oraz „Za i przeciw”, a „Tygodnik Podlaski” (obecnie: Przegląd Prawosławny) oraz „Słowo i Myśl” przekształciły się w niezależne czasopisma. W Warszawie partia prowadziła klub dyskusyjny im.