W listopadzie 1992 wystąpił z LDP.

Podczas wojny w Jugosławii Limonow zwrócił na siebie uwagę swoim demonstrowaniem sympatii dla serbskiej strony konfliktu. Wiosną 1993 r. udał się do Jugosławii, gdzie spotykał się z serbskimi partyzantami. Złą sławę uzyskał przyłączając się do patrolu snajperskiego w okolicach Sarajewa; wypowiadał się również o potrzebie użycia „serbskiej taktyki” celem odzyskania terenów byłego Związku Radzieckiego ze znaczną liczbą ludności rosyjskiej. W filmie dokumentalnym Serbski epos Pawła Pawlikowskiego, nakręconym przez ekipę BBC znajduje się scena, w której Limonow strzela z km-u w stronę Sarajewa, z okopów w okolicach oblężonego miasta.

Wiosną 1993 r. napisał i wydrukował Program partii nacjonal-bolszewickiej. Przed wyborami do Dumy ponownie bezskutecznie próbował przyłączyć się do Liberalno-Demokratycznej Partii Rosji.

Jesienią 1994 rozpoczął budowę struktur Partii Narodowo-Bolszewickiej. Ideologię partyjną opracował filozof Aleksandr Dugin. Limonow rozpoczął wydawanie gazety partyjnej „Limonka”. Do ścisłej współpracy w ramach partii założycielom udało się namówić ważniejsze postaci młodzieżowej kontrkultury m.in.