Wraz z rozwojem clubbingu nastąpiła specjalizacja lokali pod względem repertuaru muzycznego, który serwowano dla określonej klienteli. Około 2000 r. poza potentatami („Eljazz”, „Mózg”) istniały takie kluby muzyczne jak: „Los Desperados” (ul. Wiatrakowa), „Remiza” (ul. Dworcowa), „Gong” (ul. Toruńska), „Pub Camelot” (ul. Gdańska), „Merlin” (ul. Zaułek), „Speer” (ul. Jagiellońska), „Flip” (ul. Boya-Żeleńskiego), „Trip” (ul. Floriana), „Barka Klub”, „Zentrum”. Najpopularniejszymi dyskotekami były: „Bravo” (ul. Zygmunta Augusta) i „Hysteria” (ul. Dworcowa).
Traktowane początkowo dość marginalnie jako przejaw lokalnego undergroundu, kluby muzyczne stały się stopniowo istotną częścią kultury muzycznej, ostoją nowych kierunków artystycznych, świątyniami nowej kultury.
Główne bydgoskie kluby muzyczne Klub Mózg
Klub Mózg przy ul. Gdańskiej 10 to miejsce utworzone w celu promowania sztuki współczesnej oraz stworzenia możliwości do pracy artystom niezależnym. Jest to nie tylko klub muzyczny, ale także studio nagraniowe, wytwórnia płytowa i agencja koncertowa. Od 1994 r. przez scenę i galerię „Mózgu” przewinęło się kilkuset muzyków, performerów, malarzy i fotografików z całego świata. Mózg jest otwarty na sztukę „czystą”, tj.