Obok tych wszystkich działań był cały czas związany z wojskiem i na początku 1861 roku dosłużył się stopnia generała-majora milicji stanowej.
Wojna secesyjna Zachodni teatr działań Gdy rozpoczynała się wojna secesyjna Halleck był demokratą i sympatyzował z Południowcami, niemniej jednak szczerze wierzył w wartość zjednoczonego państwa. Reputacja znawcy spraw wojskowych i rekomendacja Winfielda Scotta spowodowały, że 19 sierpnia 1861 roku został mianowany generałem-majorem regularnej armii, a tym samym czwartym co do starszeństwa dowódcą Armii Unii (Scott, McClellan, Frémont, Halleck). Został wyznaczony dowódcą Departament Missouri i 9 listopada zastąpił na tym stanowisku Frémonta. Jego talent administracyjny pozwolił na szybkie wyeliminowanie chaosu i nieporządków pozostawionych przez poprzednika. Zabrał się do roboty z założeniem, że „poszerzy swój stan posiadania będąc pewnym, że nikt go o nic nie będzie obwiniał”Nevin, s. 59..