Na krótko pozbawił Granta dowodzenia nową ekspedycją w górę rzeki Tennessee, co miało związek ze spotkaniem Granta z Buellem w Nashville i plotkami o powrocie do pijaństwa, ale wkrótce przywrócił mu dowodzenie w polu (być może zrobił tak pod naciskiem Lincolna i Departamentu Wojny). Tłumacząc Grantowi powód przywrócenia na stanowisko, Halleck przedstawił to jako jego wysiłki zmierzające do zadośćuczynienia niesprawiedliwości, nie wyjawiając oczywiście, że owej niesprawiedliwości należy szukać w jego własnym postępowaniuWielu autorów dopatruje się nacisków prezydenta, np. Gott, s. 267-268 i Nevin, s. 96, aczkolwiek Smith, s. 176, twierdzi, że „przywrócenie Granta poprzedził o jeden dzień list od prezydenckiego adiutanta [napisanego w imieniu prezydenta i sekretarza wojny] w Waszyngtonie”.. Kiedy Grant pisał do Hallecka „muszę mieć wrogów na linii między nami”, Halleck odpowiedział „mylisz się, między nami nie ma wrogów”Woodworth, s. 142.
Departament Hallecka dobrze działał na początku 1862 roku wypierając Konfederatów z Missouri i wkraczając do Arkansasu. Wojska Unionistów zajmowały zachodnie i połowę środkowego Tennessee.