Przed sezonem 2015/2016 drużynę opuścili m.in. Wojciech Zydroń, Bartosz Konitz i Krzysztof Szczecina, natomiast do zespołu dołączyli m.in. Adam Morawski i Kirył Kniazieu. W fazie zasadniczej rozgrywek ligowych szczypiorniści Pogoni wygrali siedem z 22 meczów, plasując się na 10. pozycji. W spotkaniach o miejsca 9–12 odnieśli cztery zwycięstwa w sześciu meczach, jednakże ich pozycja w tabeli nie uległa zmianie. W meczach barażowych o utrzymanie pokonali Warmię Olsztyn (29:30; 32:23), zachowując miejsce w Superlidze. Najskuteczniejszymi zawodnikami Pogoni w sezonie 2015/2016 byli Łukasz Gierak i Patryk Walczak, których kibice uhonorowali nagrodą MVP (obaj odeszli z klubu po zakończeniu rozgrywek). W sezonie 2015/2016 Pogoń Szczecin zadebiutowała również w europejskich pucharach – w październiku 2015 przegrała w drugiej rundzie kwalifikacji Pucharu EHF z węgierskim Csurgói KK (27:30; 19:29). Z końcem 2015 funkcję trenera przestał pełnić Rafał Biały, który prowadził drużynę od 2007 (z kilkumiesięczną przerwą spowodowaną problemami zdrowotnymi). Jego miejsce zajął Antoni Parecki.