Latem 2016 grającymi trenerami Pogoni zostali Wojciech Zydroń i Czech Michal Brůna. Przed rozpoczęciem sezonu 2016/2017 sponsorem tytularnym klubu została firma Sandra Spa; drużyna przystąpiła do rozgrywek pod nazwą Sandra Spa Pogoń Szczecin. W rundzie zasadniczej Pogoń wygrała dziewięć meczów i 17 przegrała. W grupie granatowej zajęła 5. miejsce, dzięki któremu przystąpiła do gry o dziką kartę do finałów – 12 i 15 kwietnia 2017 została pokonana przez Chrobrego Głogów (33:30; 18:30). Trafiła więc do grupy Suzuki, w której wygrała cztery spotkania i jedno przegrała, zajmując 1. miejsce. W meczu finałowym o Puchar Superligi, rozegranym 25 maja 2017, przegrała z Górnikiem Zabrze (25:34). Ostatecznie rozgrywki zakończyła na 9. pozycji, a jej najlepszymi strzelcami byli Paweł Krupa i Kirył Kniazieu (zdobyli po 111 bramek). W trakcie sezonu 2016/2017 doszło do dwóch zmian na ławce trenerskiej szczecińskiej drużyny – w listopadzie 2016 szkoleniowcem został Mariusz Jurasik, a w marcu 2017 zastąpił go Rafał Biały. W maju 2017 nowym trenerem Pogoni został Piotr Frelek.