Pierwszy pobyt we Francji (II wojna światowa) Po klęsce Francji zdecydował się wyjechać do tego kraju, aby pomagać ofiarom wojny. W sierpniu 1940 roku zamieszkał w wiosce Taizé we francuskiej Burgundii, leżącej o kilka kilometrów od linii demarkacyjnej dzielącej Francję. W zakupionym domu udzielał schronienia uchodźcom politycznym i Żydom, którym groziła śmierć z rąk hitlerowców. Współpracował z księżmi i pastorami zaangażowanym w ruch oporu. Poznał w tym czasie pioniera francuskiego ekumenizmu ks. Paula Couturiera. W 1941 przygotował pierwszą broszurę, w której starał się naszkicować ideał życia wspólnego, zatytułowaną Communaute de Cluny - Notes explicátives (Uwagi wyjaśniające). W listopadzie 1942 zagrożony aresztowaniem pozostał w Genewie.
Początki wspólnoty (Genewa) Po opuszczeniu Taizé zamieszkał w Genewie w mieszkaniu swoich rodziców. Lektura Uwag wyjaśniających zainspirowała dwóch studentów Maxa Thuriana i Pierre Souvairana do przyłączenia się do Rogera w jego poszukiwaniach. Wkrótce dołączył do nich Daniel de Montmollin. Razem zamieszkali w genewskim mieszkaniu, rozpoczynając wspólną pracę i modlitwę, którą przygotowywali w pobliskiej katedrze.