W 1943 Roger napisał pracę dyplomową Ideał monastyczny sprzed świętego Benedykta i jego zgodność z Ewangelią, kończąc formalnie edukację uniwersytecką, a w 1944 opublikował pracę Introduction á la vie communautaire (Wprowadzenie do życia wspólnotowego), w której kontynuował poszukiwania właściwej formuły dla Wspólnoty. 16 lipca 1944 został ordynowany na pastora w Neuchâtel.
Powrót do Taizé Jesienią 1944 przyjechał ponownie razem z towarzyszami do Taizé. Włączył się w pomoc jeńcom niemieckim przebywającym w pobliskich obozach. Z pomocą siostry Genevieve przygarnął razem z przyjaciółmi grupę sierot wojennych. Od 1948 uzyskał zgodę na korzystanie z katolickiego, opuszczonego kościółka romańskiego w Taizé. W Niedzielę Wielkanocną 1949 złożył razem z sześcioma braćmi śluby wieczyste, które dotyczyły celibatu, wspólnoty posiadanych dóbr oraz uznania posługi przeora. Równocześnie został pierwszym przeorem Wspólnoty.