Bliskie związki z arabskimi kalifami (a później z ich mongolskimi następcami), zapewnianie sobie przychylności władców, zepchnęły hierarchów Kościoła Wschodu do rzędu dworskich dygnitarzy, ze wszystkimi tego konsekwencjami – dochodziło do przekupstw, handlu godnościami kościelnymi, wreszcie do konfliktów, nawet do otwartych walk między koteriami chrześcijan. Tak więc, paradoksalnie, nagłe polepszenie pozycji zaszkodziło Kościołowi. Mniej więcej w tym samym okresie zaczął się obniżać również poziom wiedzy o zasadach wiary, zarówno wśród duchownych, jak i wśród świeckich. Chrześcijaństwo Wschodu, rozległe terytorialnie, zaczęło być powierzchowne w swej treści.
Kościołowi Wschodu początkowo nie zaszkodził wstrząs wywołany nagłym powstaniem imperium mongolskiego w XIII wieku. Zarówno Czyngis-chan, jak i jego następcy byli życzliwi wobec chrześcijan, nawrócono nawet część chańskiej rodziny, co zaowocowało oszczędzeniem ludności chrześcijańskiej podczas zajmowania Merwu i Niszapuru. Okres mongolskiej władzy w Chinach był również okresem działalności misyjnej w tym kraju, ukoronowanej ustanowieniem metropolii w Chanbałyku (dzisiejszym Pekinie).