Jednak po obaleniu mongolskiej dynastii Yuan w II połowie XIV wieku chrześcijaństwo chińskie ponownie upadło na skutek prześladowań, obejmujących wszystkie „obce”, nie-chińskie religie. Tym niemniej Kościół Wschodu nadal rozciągał się od południowej Syberii po Cejlon i od Persji po zachodnie Chiny, możliwe zaś, że skupiska chrześcijan istniały także w Korei, Japonii, Birmie, Indochinach, na Jawie i na Filipinach.
Upadek