Kościół perski początkowo podlegał patriarsze Antiochii. Jednak po wspomnianym wcześniej ustaniu łączności z kościołem imperium rzymskiego jego samodzielność rosła. Biskup bliźniaczej stolicy Persji Seleucji-Ktezyfonu Papa bar Aggaj (310–329) ogłosił się katolikosem. W 410 katolikos Izaak połączył diecezje Wschodu, pozostające dotychczas pod bezpośrednią władzą patriarchy Antiochii, w oddzielną prowincję kościelną pod swoim zwierzchnictwem. W 420 szach Jezdegerd I uznał katolikosa Seleucj-Ktezyfonu za zwierzchnika wszystkich chrześcijan w swym imperium. W 424 na synodzie w Markbacie, za pontyfikatu katolikosa Dadiszu I, biskupi kościoła perskiego uznali katolikosa za patriarchę, odrzucając wszelką zwierzchność patriarchów Antiochii i Rzymu.
Doktryna nestorianizmu Do końca V wieku nauka Kościoła Wschodu nie różniła się od nauki kościoła świata rzymskiego. Aprim Asyryjczyk uczestniczył w soborze powszechnym w Nicei w 325.