W sezonie 2006/2007 wystąpili w ponownie w Lidze Europy. W I rundzie pokonali w dwumeczu macedoński FK Rabotnički Skopje 7:2 i awansowali do fazy grupowej. FC Basel w trafiło do grupy E razem z Blackburn Rovers, AS Nancy, Feyenoordem Rotterdam i Wisłą Kraków. Pierwszy mecz z Feyenoordem zakończył się remisem 1:1, drugi zaś porażką 0:3 z Blackburn. Trzeci mecz z AS Nancy zakończył się remisem 2:2. Prowadzenie dla Nancy zdobył Kim w 31 minucie lecz na wyrównanie nie trzeba było długo czekać, bo w 32 minucie gola dla FCB zdobył Chipperfield. Już 60 sekund później Nancy znów objęło prowadzenie. W 57 minucie wynik ustalił Mile Sterjovski. Do ostatniej minuty wynik był niepewny. W doliczonym czasie gry czerwoną kartkę ujrzał bramkarz szwajcarów Franco Costanzo a do obrony rzutu karnego wytypowano Mladena Petrica, który obronił rzut karny ratując remis. W ostatnim meczu FC Basel przegrało z Wisłą Kraków, prowadzili po golu Petrica w 8 minucie spotkania. W 10 minucie gola na remis zdobył Paweł Brożek. Do końca pierwszej połowy utrzymywał się remis. W 71 minucie meczu, Wisła zdobyła bramkę na 2:1. W 83 minucie trzecia bramkę dla Wisły zdobył strzelec pierwszego gola.