FC Basel zajęło ostatnie miejsce w grupie za Wisłą Kraków, z 2 punktami na koncie.
W następnym sezonie FC Basel znowu dostało się do Pucharu UEFA, pokonując w I rundzie FK Sarajevo. W Grupie D przeciwnikami FC Basel byli, Hamburger SV, SK Brann, Dinamo Zagrzeb i Stade Rennes. 25 października 2007, FC Basel pokonało Stade Rennes na St. Jakob-Park 1:0, po bramce Strellera w 55 minucie meczu. 8 listopada padł wynik remisowy 0:0 z Dinamem Zagrzeb. 5 grudnia FCB pokonało Brann 1:0 po bramce Carlitosa w 40 minucie. W ostatnim meczu Basel zremisowało 1:1 z HSV. FC Basel z 8 punktami zajęło 2. miejsce w grupie. W 1/16 trafili na Sporting CP. Pierwszy mecz w Lizbonie zakończył się porażką 0:2. Gole dla Sportingu strzelił dwukrotnie Simon Vukčević. W rewanżu Basel po jednostronnym meczu, przegrało 0:3 i odpadło z turnieju.
W latach 2010–2017 klub zdobył 8 tytułów mistrza Szwajcarii z rzędu i od tego czasu nigdy nie zdobył mistrzostwa, w 2018 roku zdetronizowali go BSC Young Boys Berno. W 2025 roku klub zdobył 21.