200px|right|thumb|Molenna w Kükicie 200px|right|thumb|Molenna w Pirisaar 200px|right|thumb|Dzwonnica przy molennie w Raji Staroobrzędowcy w Estonii są obecni od końca XVII w. Pierwsi osadnicy tego wyznania na wymienionym obszarze byli uchodźcami z ziemi nowogrodzkiej, uciekającymi przed represjami ze strony władz świeckich oraz hierarchii Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Początkowo większość z nich należała do nurtu bezpopowców-fiedosiejewców, z czasem liczebnie zaczęli przeważać bezpopowcy-pomorcy. Największe skupisko starowierców stanowiły ziemie na zachodnim brzegu Jeziora Czudzkiego.
Liczebność staroobrzędowców w Estonii czasowo spadła wskutek represji carskich za panowania Mikołaja I, jednak wzrosła ponownie w drugiej połowie XIX w. wskutek migracji starowierców z innych regionów Rosji oraz dzięki bardziej tolerancyjnej polityce Aleksandra II i Aleksandra III. Po wydaniu przez Mikołaja II w 1905 ukazu tolerancyjnego w Estonii zarejestrowanych zostało sześć gmin starowierskich.