W niepodległej Estonii staroobrzędowcy posiadali pełną swobodę działania, ich przedstawiciele angażowali się w życie społeczne kraju. Centralnym organem zrzeszającym gminy tego wyznania była Staroobrzędowa Cerkiew Estonii. Ponowny spadek liczby wyznawców „starej wiary” odnotowano w latach przynależności Estonii do ZSRR, wskutek antyreligijnej polityki państwowej oraz wyludniania się tradycyjnie zamieszkiwanych przez nich ziem na wschodzie kraju. W 2010 liczbę wszystkich staroobrzędowców w Estonii szacowano na 15 tys. osób, z czego aktywnie w życiu swoich gmin uczestniczyło 2,5 tys.
XVII–XVIII w. Dokładny moment pojawienia się na terytorium współczesnej Estonii pierwszych grup starowierców jest niemożliwy do ustalenia z powodu braku precyzyjnych dokumentów. Z pewnością w końcu XVII w. staroobrzędowi uchodźcy z ziemi nowogrodzkiej obecni byli w Liwonii, na terenie dzisiejszej południowej Estonii. Na początku wieku XVIII powstał Monaster Riapiński – pierwszy klasztor starowierski w regionie. W 1718 jego przełożony, Konstantyn (Fiodorow), porzucił dotychczasowe wyznania, zaś większość mieszkańców monasteru została aresztowana. Nieliczni zbiegowie uciekli do Mustjoe k. Narwy oraz do TartuP. Adamczewski, Zarys historii staroobrzędowców w Estonii [w:] .