Latem 2003 Trujillo został graczem Monarcas Morelia, gdzie od razu zagwarantował sobie pewne miejsce w wyjściowej jedenastce. Jeszcze w tym samym roku zwyciężył z Morelią w najbardziej prestiżowych rozgrywkach kontynentu, Pucharze Mistrzów CONCACAF. Ogółem spędził w tej ekipie cztery lata, głównie jako podstawowy gracz, mimo iż był często trapiony przez kontuzje. W lipcu 2007 podpisał dwuletnią umowę z greckim zespołem Skoda Ksanti, lecz nie zdołał w nim zadebiutować, gdyż kilka tygodni później rozwiązał kontrakt z powodów osobistych. Przez kolejne pół roku pozostawał bez klubu, po czym zasilił drużynę Atlante FC z miasta Cancún, w której spędził rok. W marcu 2009 został zawodnikiem amerykańskiego Chivas USA. W Major League Soccer zadebiutował 22 marca w wygranym 2:1 spotkaniu z Colorado Rapids i szybko został podstawowym piłkarzem Chivas. Jedynego ligowego gola w barwach klubu strzelił 23 kwietnia 2011 w wygranej 2:1 konfrontacji z San Jose Earthquakes.