Gdy doszedł do wniosku, iż nie uda mu się zapewnić wsparcia państwa dla swych wyznawców, założył niezależny katolicki system szkolny, który był wzorem na późniejszej III sesji Synodu Plenarnego Baltimorskiego. Od 1884 wszystkie dzieci katolików miały być wysyłane do szkół parafialnych. Ufundował kilka szkół średnich i wyższych (m.in. Uniwersytet Fordham i Mannhattan College), a także rozpoczął budowę nowej katedry archidiecezjalnej.
thumb|left|Wystawienie ciała abpa Hughesa
Jego osobowość, odwaga, bezkompromisowość, ale także patriotyzm sprawiły, iż był powszechnie lubiany i szanowany przez mieszkańców miasta i miejscowe władze. Pozostawił po sobie prężnie rozwijający się Kościół w stanie Nowy Jork. Po jego śmierci listy pełne szacunku przesłały władze miejskie, stanowe, a nawet sam prezydent Abraham Lincoln. Pochowany początkowo w starej katedrze, ciało przeniesiono po latach do obecnej katedry św. Patryka.
Bibliografia William J. Stern, How Dagger John Saved New York’s Irish, city-journal.org Encyklopedia New Advent
Kategoria:Urodzeni w 1797 Kategoria:Zmarli w 1864 Kategoria:Amerykańscy biskupi katoliccy Kategoria:Archidiecezja rzymskokatolicka Filadelfia Kategoria:Archidiecezja rzymskokatolicka Nowy Jork