Zaapelował do burmistrza by nie organizować spotkania partii (Natywistów) w mieście, a wiernym zalecał rozwagę i spokój, nawet w przypadku ataków na świątynie. Ostatecznie do zebrania partii w Nowym Jorku nie doszło. Dziesięć lat później jego podobna postawa podczas wystąpień Nic Niewiedzących (Know Nothing) znowu zapobiegła rozlewowi krwi.
Metropolita prowincji Nowy Jork 19 lipca 1850 diecezja nowojorska została podniesiona do rangi metropolii, a bp Hughes został jej pierwszym metropolitą. Paliusz, wraz z innymi nowo mianowanymi metropolitami amerykańskimi, odebrał z rąk papieża Piusa IX wiosną roku 1851. W skład jego prowincji wchodziły diecezje: Albany, Buffalo, Brooklyn, Newark, Boston, Burlington, Hartford i Portland. W roku 1854 zorganizował pierwszy synod prowincjonalny, po którym udał się do Rzymu na ogłoszenie dogmatu o Niepokalanym Poczęciu NMP. W tym okresie działał na rzecz imigrantów z Irlandii, którzy masowo przybywali do USA i próbował wyegzekwować wsparcie państwa dla szkół religijnych. Zaprotestował przeciwko jednemu tłumaczeniu Biblii, które miało być obecne we wszystkich publicznych szkołach. Ponieważ była to protestancka Biblia króla Jakuba, Hughes uznał to za atak na Kościół katolicki i wolność sumienia.