Niestety akademicy nie zdołali utrzymać się na najwyższym poziomie ligowym – jedynie 13 zwycięstw w 32 meczach pozwoliło na zajęcie 10. miejsca, które skutkowało udziałem w barażach. W nim drużyna z Torunia nie potrafiła przeciwstawić się koszykarzom Astorii Bydgoszcz. Zespół AZS-u kolejne cztery lata spędził w II lidze.
Dopiero wsparcie klubu przez przedsiębiorstwo włókiennicze Elana pozwoliło na podniesienie gry na poziom pozwalający na awans do PLK. Klub przybrał wówczas żółto-niebieskie barwy i nazwę AZS Elana Toruń. W sezonie 1994/1995 zakontraktowano m.in. Piotra Nizioła, Jacka Robaka oraz dwóch Amerykanów: Dyana Nixona i Chrisa Wimberly'ego, zaś trenerem został Ryszard Szczechowiak. Rezultatem był awans do Polskiej Ligi Koszykówki w sezonie, w którym zespół odniósł zaledwie 5 porażek. W rozgrywkach ekstraklasy drużyna AZS Elany spędziła sześć sezonów, przy czym najlepszym rezultatem były 6. miejsca osiągnięte w latach 1996 i 1998. W 1996 roku w Toruniu zakontraktowano Rickiego Callowaya – pierwszego w Polsce zawodnika z przeszłością w NBA. Oprócz niego w AZS-ie lat 90. występowali m.in.