W tym samym roku metropolita Sergiusz, zastępca locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego, wydał deklarację lojalności Patriarchatu Moskiewskiego wobec władz radzieckich. Arcybiskup uglicki nie zgodził się z jej postanowieniami. Wzywał metropolitę Sergiusza do otwartego przeciwstawienia się władzy, odwołania swojej deklaracji i przekazania tymczasowego zarządu Cerkwi metropolicie jarosławskiemu Agatangelowi, przeciwnikowi polityki Sergiusza. W kwietniu 1928 Sergiusz suspendował Serafina; wkrótce potem został on ponownie aresztowany i zmuszony do wyjazdu do Mohylewa. W styczniu 1929 duchowny skierował do wiernych Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego list, w którym oskarżał Sergiusza o schizmę. W kolejnym miesiącu został uwięziony po raz trzeci i skazany na pięć lat łagru. Karę odbywał w obozie urządzonym w danym Monasterze Sołowieckim. Wskutek urazu doznanego w pracy (złamanie żeber) do końca życia pozostał inwalidą. W 1932 został przedterminowo zwolniony i zesłany na północ Rosji, gdzie założył nielegalną organizację cerkiewną, bez zgody metropolity Sergiusza udzielał święceń kapłańskich i przyjmował wieczyste śluby od kandydatów na mnichów. Dwa lata później ogłosił, iż cała działalność metropolity Sergiusza od 1927 była niekanoniczna i w związku z tym został on suspendowany przez „prawdziwą” (tj. katakumbową) Cerkiew.