Organem tworzącym dla szpitala jest samorząd województwa kujawsko-pomorskiego.
Historia Szpital jest jedną z najstarszych lecznic w Bydgoszczy. Oddano go do użytku 9 grudnia 1885 roku dzięki środkom ofiarowanym przez Ludwikę Giese-Rafalską – właścicielkę majątku RupienicaBoguszyński Mieczysław: Od warsztatu balwierskiego do szpitala klinicznego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2008. , z zastrzeżeniem, by pielęgnowaniem chorych zajmowały się siostry diakoniski z kościoła ewangelickiegoEncyklopedia Bydgoszczy, t. 5. Medycyna. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , s. 108. Teren pod budowę (1 ha) nieodpłatnie przekazały władze miasta. Obok powstał także dom opieki dla samotnych kobiet przy ul. Szubińskiej (ob. Wojskowa Komenda Uzupełnień). Budynki powstały według projektu miejskiego radcy budowlanego Wilhelma LinckeBogna Derkowska-Kostkowska: Miejscy radcy budowlani w Bydgoszczy w latach 1871-1912. [w:] Materiały do Dziejów Kultury i Sztuki Bydgoszczy i Regionu. zeszyt 12. Pracownia Dokumentacji i Popularyzacji Zabytków Wojewódzkiego Ośrodka Kultury w Bydgoszczy 2007. ISSN 1427-5465. W powstałym 40-łóżkowym szpitalu funkcjonowały oddziały: chirurgiczny i wewnętrzny. W 1900 r. placówkę rozbudowano do 68 łóżek, a w 1902 r.